EO可用于不耐高溫、不耐濕物品的滅絕，被認為是一種滅菌效果較好的化學滅菌劑，可殺死所有微生物包括細菌以及芽孢。EO 具有*的穿透性，可用以各種難通透部位的滅菌，如有些較細、較長的導管用其他低溫滅菌方法很難達到滅菌效果，而只能選擇EO或者輻照。
 EO 滅菌對物品的損害也較小，滅菌是利用烷基化原理而非氧化過程，對不耐熱的材料及設備有著非常廣泛的應用前景。采用EO 滅菌時，可以用各種包裹材料包裹，便于儲存、運輸，打開包裝即可使用避免了交叉污染的危險，并且在滅菌過程中，有標準的化學、生物監測手段，從而可以有效的控制滅菌質量。

EO滅菌生物監測的常用方法：生物負載法和過度滅菌法。
  一般情況下，EO 滅菌微生物性能確認均采用生物指示劑(BI，枯草桿菌芽孢)。進行微生物學性能驗證的產品，應采用與其常規滅菌相同的包裝，生物指示物應放置在被滅菌物品中最難滅菌的部位，并在預處理前就放入選定部位，且在整個滅菌周期保持該位置。
  生物指示物監測點的數量應能驗證滅菌器內全部被滅菌物品的微生物滅活，通常滅菌室體積≤10m3時，驗證時至少設置體積V×3 個檢測點，但不少于5 個，日常監測至少設置V×1.5 個檢測點，但不少于5 個。
  滅菌室體積在>10m3時，驗證時至少設置體積30＋(V-10)×3 個檢測點，日常監測至少設置15+(V-10)×1.5 個檢測點。這里還涉及到溫濕度探頭的數量等要求，不同體積的滅菌器有不同的要求，可查閱ISO 11135-1:2007 附錄C。
  由于環氧乙烷滅菌不存在通用的經典滅菌參數，影響滅菌效果的因素多且相互關聯，滅菌過程控制復雜，所以為了保證滅菌效果，對其滅菌過程進行嚴格的驗證是必要的。此外，若滅菌設備、被滅菌物品和裝載方式任何一個因素改變時，都需要重新進行驗證。